A Secretaria Municipal de Educação (Semed) esclarece que não adota o sistema multifase nas unidades escolares da cidade, seja na educação infantil ou no ensino fundamental e salienta que os boatos veiculados que esta prática seria adotada nas escolas da cidade são falsos. O sistema multifase é aquele em que alunos de fases diferentes estudam na mesma sala, muitas vezes com um único professor.
Em Rondonópolis, o sistema multifase é usado somente nas escolas do campo, em decorrência do baixo número de alunos em cada fase e com acompanhamento pedagógico para que o aluno não seja prejudicado na aprendizagem. Vale lembrar que nas escolas do campo, o número de alunos por sala de aula é menor que nas escolas da cidade.
A Secretaria destaca que está trabalhando para que o início do ano letivo de 2015 aconteça no dia 09 de fevereiro, com quadro de lotação concluído e as escolas em condições de receber os mais de 17 mil alunos que aguardam pelo início das aulas.